La costruzione iniziò nel 1712 e del Convento fu completato, in un primo momento, solo un dormitorio ed una piccola cappella per officiare la Santa Messa. Il 29 settembre del 1712, dopo l’autorizzazione della Santa Sede e del Vescovo di Ariano, arrivarono a Bonito i Padri Riformati che per lungo tempo svolsero il ruolo di guide spirituali della comunità. Nel 1713 iniziò il perfezionamento della struttura , temporaneamente adibita ad infermeria.
Il grande contributo dei fedeli e la benefica opera dei Francescani, permisero l’avanzamento dei lavori dell’edificio, che fu terminato verso la fine del 1700: nel 1775 furono eseguiti i lavori per la costruzione del Chiostro, nel 1786 fu creata la porta del Coro e nel 1788 tale opera fu completata dal Frate Michele D’Ascoli che vi aggiunse anche una Cantoria in legno.
La Chiesa di Sant’Antonio presentava una sola navata e ai quattro lati erano visibili quattro fossi chiusi da grandi pietre, che servivano per la sepoltura. Il Convento era di forma quadrata: al pianterreno vi erano il Chiostro e, giusto al centro, la Cisterna, costruita nel 1794; tutt’intorno si trovavano un salone adibito a cucina, una stanza-refettorio e vari depositi. Per il tramite di una scala in pietra levigata, si arrivava al piano superiore, all’inizio del quale, in alto sul muro, si vedeva un dipinto rappresentante l’immagine della Madonna; proseguendo lungo il corridoio, a sinistra e a destra, erano poste le cellette adibite a dormitorio dei Frati; nel 1828 fu costruito l’Organo a canne. Nel periodo che va dal 6 novembre 1839 al 29 settembre 1849, la Chiesa di Sant’Antonio, fu adibita a cimitero, come risulta dal “Liber Mortuorum”.
La legge eversiva del 7 luglio 1866 ordinò la soppressione del Convento e l’incameramento dei beni ecclesiastici: con successivi provvedimenti legislativi la Chiesa passò alle dipendenze dell’Autorità ecclesiastica ed il Convento diventò proprietà del Comune. Pesanti sono stati i danni che la struttura ha dovuto sopportare, prima a causa dei terremoti che si sono abbattuti sulla nostra terra in questo secolo (23 luglio 1930; 21 agosto 1962; 23 novembre 1980) e poi per l’incuria umana. L’ultimo evento sismico fu, certamente, quello che più colpì la Chiesa, quasi interamente distrutta: crollò tutta la volta e la parte alta del prospetto principale e subirono notevoli danni il Coro ligneo e l’artistica Cantoria.
Nonostante tutto ciò, all’interno della Chiesa, ancora oggi si conservano opere di grande interesse storico religioso ci riferiamo all’ammirevole armadio presente nella sagrestia risalente al 1786, al Coro ligneo e alla Cantoria dello stesso periodo, , al Crocefisso del 1700, alle statue di Sant’Antonio, San Francesco di Paola, San Pasquale, San Francesco d’Assisi e della Vergine Immacolata.
La Devozione a Sant’Antonio, molto probabilmente, nacque e si sviluppò nella Chiesa Madre e a conferma di ciò ci sono due assunti: prima di tutto il fatto che la Processione del Santo Padovano osservi un’unica sosta davanti alla Chiesa S.M. Assunta e poi il fatto che in questa, molto più antica della prima, vi sia una cappella dedicata al Santo. Tre sono le funzioni che, ancora oggi si svolgono nella Chiesa intitolata al Taumaturgo e che vedono una larghissima partecipazione popolare: la Novena dell’Immacolata, la Via Crucis che si tiene ogni domenica di Quaresima e la Tredicina nei primi 13 giorni del mese di giugno.
Oggi la Chiesa si presenta radicalmente cambiata nella struttura interna, difatti molti furono gli interventi eseguiti per il consolidamento e il restauro architettonico dopo il sisma del 1980: furono demoliti i ruderi del tetto e della volta quasi interamente crollati, furono eseguiti dei micropali di fondazione, fu operata una bonifica integrale della muratura con perforazioni armate, furono ricostruite le parti murarie crollate e demolite, vi fu il rifacimento totale della copertura, con strutture in legno lamellare “che con la loro austera semplicità hanno impreziosito il santo edificio”, il pavimento fu rimosso e sostituito con travertino venato rosso, gli infissi furono sostituiti, furono creati degli impianti di riscaldamento, elettrico e sonoro e furono restaurate le opere lignee più mal ridotte (coro, cantoria, porte, altare, armadio di sagrestia, ecc.)
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